论文苏禽黄鸡IGF1R基因第16外显子多态性其和生长性状关联是适合不知如何写外显子多态性方面的相关专业大学硕士和本科毕业论文以及关于外显子捕获论文开题报告范文和相关职称论文写作参考文献资料下载。
摘 要 本研究以IGF1R基因作为影响苏禽黄鸡生长性状的候选基因,基因第16外显子单核苷酸多态性采用DNA测序和PCR-SSCP技术进行分析,并和鸡的生产性能进行关联分析.结果表明,共发现2个SNPs位点（C143082G和A143135G）,在初生重方面,CC基因型个体的体重显著高于AA、AB、AC、BB和BC基因型个体的体重（P<0.05）.推测IGF1R基因可能是影响鸡体重的主（效）基因或与影响体重主（效）基因紧密连锁.
关键词 苏禽黄鸡；IGF1R基因；16外显子；生产性状；关联
中图分类号 S831 文献标识码 A 文章编号 1007-5739（2017）16-0224-02
Abstract In this study,IGF1R gene as candidate gene of Suqin yellow chicken growth traits,using DNA sequencing and PCR-SSCP technology to analyze the correlation between IGF1R gene 16 exon SNPs and chicken production performance.The results showed that 2 SNPs loci（C143082G and A143135G）were found,the birth weight of CC genotype individuals were significantly higher than those in AA,AB,AC,BB and BC genotypes（P<0.05）.It was suggested that IGF1R gene might be the main（effect）gene of chicken weight,or it was closely linked to the main（effect）gene.
Key words suqin yellow chicken； IGF1R gene；exon 16；production performance；correlation
類胰岛素生长因子（insulin-like growth factors,IGFs）包含2类受体（IGF1R、IGF2R）、2个多肽类生长因子（IGF1、IGF2）和7种结合蛋白（IGFBP1-7）[1-5],是重要的生长因子之一.IGF1R对机体胚胎期和出生后生长有着十分重要的生长调节作用,主要表现为免疫调节、淋巴细胞生成、肌肉和骨的生长[6].鸡IGF1R基因位于10号染色体由单个基因编码,21个外显子构成,mRNA全长4 698 bp,编码1363氨基酸残基[1,7].现研究已表明IGF1R基因对鸡生长性状有显著效应[8-9].本研究以苏禽黄鸡为研究对象,以鸡IGF1R基因作为影响生长性状的候选基因[1,10],通过DNA测序和PCR-SSCP方法的应用分析该基因多态性和生长性状之间的关系.
1 材料和方法
1.1 试验材料
试验母鸡品种为苏禽黄鸡,采自翔龙禽业有限公司,共150只,采集母鸡血样,待用.同时记录150只母鸡的0、4、8、12、16周龄体重.翅静脉采集血样1.5 mL,肝素钠抗凝,-20℃保存[1-2].常规苯酚-氯仿法抽提基因组DNA.
1.2 引物设计及PCR扩增
根据GenBank中鸡的IGF1R基因序列（NC_006097）设计第16外显子的引物P16（F：TGACATGTTCTCCCTCTGCTT,R：GCCGTATCAGTCCACCTCAT）,引物由上海生物工程有限公司合成.
1.3 PCR扩增
IGF1R基因引物最佳PCR扩增体系如下：DNA 1.5 μL,10×Buffer 3.0 μL,25mmol/L Mg2+ 2.2 μL,10 pmol/μL上游引物2.0 μL、10 pmol/μL下游引物2.0 μL,10 mmol/L dNTPs 1.3 μL,2U/L Taq DNA聚合酶0.5 μL,ddH2O 13.5 μL,总体系25.0 μL.IGF1R基因引物反应循环参数：95 ℃预变性6 min,95 ℃变性30 s,58.5 ℃退火30 s,72℃延伸30 s,30次循环,72 ℃延伸10 min,10 ℃保存[1-4].
1.4 PCR-SSCP分析
在7.0 μL变性缓冲液中加入PCR产物3.0 μL,98 ℃变性10 min,再迅速冰浴5 min.在10%聚丙烯酰胺凝胶中加入变性好的PCR产物点样,140 V电压电泳8～24 h[1-4].在电泳结束后,进行银染显色并拍照记录结果[1].
1.5 数据统计分析
为比较鸡IGF1R各基因型之间的差异,特配合下列模型进行最小二乘方差分析.
yij等于μ+Gi+eij
式中,yij、μ、Gi、eij分别为性状测定值、群体平均值、基因型效应、随机残差效应.
采用SPSS统计软件的GLM（General Linear Model）过程完成所有统计分析,采用LSD法进行多重比较.
2 结果和分析
2.1 PCR-SSCP结果
P16引物扩增片段采用PCR-SSCP进行分析.P16扩增片段有AA、AB、AC、BB、BC、CC 6种带型（图1）.
2.2 序列分析结果
AA型和CC型相比在143 082 bp处发生了C→G突变,在143 135 bp处发生了A→G突变；BB型和CC型相比在143 135 bp处发生了A→G突变（图2）.
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